EU-direktivet överlåter till medlemsstaterna att besluta om organisationer är skyldiga att ta emot och följa upp anonyma visselblåsare. Även om en medlemsstat beslutar att inte införa ett sådant krav i sin nationella lagstiftning, innebär detta dock inte i sig att det inte skulle vara tillåtet att ta emot och följa upp anonyma anmälningar.
I allmänhet bör en organisation erkänna och tillåta följande typer av visselblåsare:
Att utesluta anonyma rapporter från visselblåsarsystemet stöds inte i praktiken och är skadligt för organisationen. Ungefär hälften av alla anmälningar görs anonymt. Att begränsa visselblåsarkanaler till öppna eller konfidentiella rapporter minskar därför avsevärt deras effektivitet som verktyg för att upptäcka oegentligheter.
Det hävdas att anonyma rapporter är mer benägna att vara avsiktligt felaktiga eller vilseledande. Det hävdas emellertid också att om man tillåter anonyma visselblåsare ökar rapporteringen bortom all rimlig kapacitet för bearbetning. Sådana antaganden är ogrundade. I praktiken är andelen underbyggda rapporter liknande för anonyma och öppna/konfidentiella kanaler och att tillåta anonyma rapporter leder inte till en tsunami av rapporter.
I många fall är anonymitet visselblåsarens bästa skydd mot repressalier. Att insistera på endast öppen och konfidentiell rapportering kan vara distraherande och förmedla ett felaktigt budskap till visselblåsare. Istället för att fokusera på innehållet i deras rapporter fokuserar detta tillvägagångssätt på deras identifiering. Dessutom kan detta vara mer komplicerat och tidskrävande än man skulle kunna tro. När anonym rapportering tillåts är det dock viktigt att göra visselblåsarna medvetna om att anonym rapportering kan begränsa möjligheten att både utreda och skydda individen mot repressalier.