De EU-richtlijn laat het aan de lidstaten over om te beslissen of organisaties anonieme klokkenluiders moeten accepteren en opvolgen. Maar zelfs als een lidstaat besluit om een dergelijke vereiste niet in zijn nationale wetgeving op te nemen, betekent dit op zichzelf niet dat het accepteren en opvolgen van anonieme meldingen niet zou zijn toegestaan.
In het algemeen moet een organisatie de volgende soorten klokkenluiders erkennen en toelaten:
Het uitsluiten van anonieme meldingen van de klokkenluidersregeling wordt in de praktijk niet ondersteund en is schadelijk voor de organisatie. Ongeveer de helft van alle meldingen wordt anoniem gedaan. Het beperken van klokkenluiderskanalen tot open of vertrouwelijke meldingen vermindert hun doeltreffendheid als instrument om wangedrag op te sporen aanzienlijk.
Er wordt beweerd dat de kans groter is dat anonieme meldingen opzettelijk onjuist of misleidend zijn. Er wordt echter ook beweerd dat het toestaan van anonieme klokkenluiders het aantal meldingen boven elke redelijke verwerkingscapaciteit tilt. Dergelijke veronderstellingen zijn ongegrond. In de praktijk is het aandeel gegronde meldingen vergelijkbaar voor anonieme en open/vertrouwelijke kanalen en leidt het toestaan van anonieme meldingen niet tot een tsunami aan meldingen.
In veel gevallen is anonimiteit de beste bescherming tegen vergelding. Aandringen op alleen open en vertrouwelijke rapportage kan afleidend werken en een verkeerde boodschap overbrengen aan klokkenluiders. In plaats van te focussen op de inhoud van hun rapporten, focust deze aanpak op hun identificatie. Bovendien kan dit ingewikkelder en tijdrovender zijn dan je zou verwachten. Als anonieme melding is toegestaan, is het echter belangrijk om klokkenluiders ervan bewust te maken dat anonieme melding de mogelijkheid kan beperken om zowel onderzoek te doen als de persoon te beschermen tegen vergelding.