EU-direktivet overlader det til medlemsstaterne at afgøre, om organisationer skal acceptere og følge op på anonyme whistleblowere. Selv om en medlemsstat beslutter ikke at medtage et sådant krav i sin nationale lovgivning, betyder det imidlertid ikke i sig selv, at det ikke er tilladt at acceptere og følge op på anonyme indberetninger.
Generelt bør en organisation anerkende og give plads til følgende typer af whistleblowere:
At udelukke anonyme indberetninger fra whistleblowing-systemet støttes ikke i praksis og er skadeligt for organisationen. Omkring halvdelen af alle anmeldelser indgives anonymt. Hvis man begrænser whistleblower-kanalerne til åbne eller fortrolige indberetninger, mindskes deres effektivitet som et værktøj til afsløring af forseelser betydeligt.
Det hævdes, at anonyme rapporter er mere tilbøjelige til at være bevidst forkerte eller misvisende. Men det hævdes også, at muligheden for anonyme whistleblowere øger antallet af indberetninger ud over enhver rimelig behandlingskapacitet. Sådanne antagelser er ubegrundede. I praksis er andelen af begrundede indberetninger ens for anonyme og åbne/fortrolige kanaler, og hvis man tillader anonyme indberetninger, fører det ikke til en tsunami af indberetninger.
I mange tilfælde er anonymitet fortsat whistleblowers bedste beskyttelse mod gengældelse. Det kan være distraherende at insistere på kun at kræve åben og fortrolig rapportering og sende et forkert budskab til whistleblowere. I stedet for at fokusere på indholdet af deres rapporter fokuserer denne tilgang på deres identifikation. Desuden kan det være mere kompliceret og tidskrævende, end man skulle tro. Når anonyme indberetninger er tilladt, er det dog vigtigt at gøre whistleblowere opmærksomme på, at anonyme indberetninger kan begrænse mulighederne for både at efterforske og beskytte den enkelte mod repressalier.