Směrnice EU ponechává na členských státech, aby rozhodly, zda jsou organizace povinny přijímat anonymní oznamovatele a sledovat jejich činnost. I když se však členský stát rozhodne, že takový požadavek do svých vnitrostátních právních předpisů nezařadí, neznamená to samo o sobě, že by nebylo povoleno přijímat anonymní oznámení a přijímat opatření v návaznosti na ně.
Obecně by organizace měla uznat a umožnit následující typy oznamovatelů:
Vyloučení anonymních oznámení ze systému whistleblowingu nemá v praxi oporu a je pro organizaci škodlivé. Přibližně polovina všech oznámení je podána anonymně. Omezení kanálů pro whistleblowery na otevřená nebo důvěrná oznámení proto podstatně snižuje jejich účinnost jako nástroje pro odhalování pochybení.
Tvrdí se, že u anonymních zpráv je větší pravděpodobnost, že budou záměrně nesprávné nebo zavádějící. Tvrdí se však také, že umožnění anonymních oznamovatelů zvyšuje počet oznámení nad rámec jakýchkoli rozumných možností zpracování. Takové předpoklady jsou neopodstatněné. V praxi je podíl odůvodněných hlášení podobný u anonymních a otevřených/důvěrných kanálů a povolení anonymních hlášení nevede k ohlašovacímu tsunami.
V mnoha případech zůstává anonymita nejlepší ochranou oznamovatele před odplatou. Trvání pouze na otevřeném a důvěrném ohlašování může odvádět pozornost a oznamovat oznamovatelům nesprávný signál. Namísto zaměření na obsah jejich zpráv se tento přístup soustředí na jejich identifikaci. Navíc to může být složitější a časově náročnější, než by se dalo očekávat. Pokud je však anonymní oznámení povoleno, je důležité upozornit oznamovatele, že anonymní oznámení může omezit možnost vyšetřování i ochrany jednotlivce před odplatou.